싱글셀이아닌 Bulk RNA-seq에서는 유전자 발현양을 분석할때 샘플 (또는 Replicate) 의 유전자 발현양을 간단하게 box pl…
1. Genome 올리기. 먼저 Reference 지놈을 올려야지 내가 원하는 read mapping을 시각화 할 수 있습니다. Genom…
A00201R:581:HC7JMDSX3:3:2278:22661:11397 81 chr1 51312 3 …
Methylpy를 통한 Methylaed C calling 맵핑시 주의사항: Reference FA 파일에 컨트롤인 람다의 시퀀스를 넣어줘서 …
RNA-seq에서 가장 기본이라고 할 수있는 CPM NORMALIZATION 에 대해서 알아보려고 한다. 먼저 예시테이블을 보면, 이 경우 …
![[R] Tidyverse패키지이용 - Indexed <-> Cartesian table](https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEhgGW-9Ndtk0p2ABVMcDVfAAmyJlkIcmgmVa7RoAL3RLv-QbWsUJCvhRsrLNTOUf_Sf1p8Br4WcHw09qhfrgsfGebsJGoLJlqcKbU6csL6cb6pnW08LH1wen_8W1s96lqgGI2MDNQKjofrMZKBeIGXBG9jF0nwyMkX8hjBBWR0PskDCe85kgTEC5YKk_wyH/w72-h72-p-k-no-nu/Untitled%20-%20November%204,%202023%2021.58.jpg)
1. Example Cartesian 데이터 생성 Pos <- c( "Chr1_100_200" , "Chr1…
예제) Sort::Naturally를 다운받기. 1. Anaconda 이용. - 먼저 아나콘다를 인스톨 해줍니다. - 그후, conda ins…
1. Peak Calling / Motif discovery - GEM * GEM 소프트웨어 ".GEM_events.narrowP…
guide RNA가 붙은 해당 부분을 자른다. 여기서 문제는 gDNA가 Double strand 인데 Double Strand부분이 모두 잘린…
1. Blastn A,T,G,C와 같은 염기서열 데이터를 염기서열 데이터에 매칭 시켜 비슷한 서열을 찾아냄. * -outfmt '6 …
Primer, Adaptor 의 공통점: Oligonucleotide 짧은 염기서열. Primer - PCR 할때 이용됨. Adaptor- S…
1. Ncbi 접속해서 어떤 데이터를 올릴 수 있는지 알아보기 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/seq.h…
1. 테뉴어 트랙의 경우 Teaching은 학기당 3-4과목 정도이다. 2. CV가 가장 중요하다. 다른 서류(Cover letter, Re…
1. Fastqc 로 퀄리티 확인 https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ 위…
Magnaporthe grisea 는 벼의 잎 , 줄기 등을 말라 죽이는 도열병을 유발 시키는 fungi 로 , 쌀 생산량에 있어 큰 영향을…
GTF/GFF 파일이란? GTF(General Transfer Format)/GFF(General Feature Format) 파일은 유전체 …
아래 work flow 는 Trinity 를 통해서 reference 및 유전자 어노테이션이 없는 종의 경우 어떻게 분석을 할 수 있는지 보여…
아래 표와 같이 DEG를 얻기 위한 통계 처리를 EdgeR으로 한 후에 테이블을 보면, 유전자 이름이 앙상블 유전자 ID 로 되어있기 때문에 …
