1.  Genome 올리기.

먼저 Reference 지놈을 올려야지 내가 원하는 read mapping을 시각화 할 수 있습니다. 


Genomes > Load Genomes form File > Fai 파일을 업로드.

Fasta 파일은 너무 커서 업로드하게 되면 시간이 많이 듭니다. 
Fasta파일로 Fai파일을 만들어서 업로드하면 간편하게 지놈을 올릴 수 있습니다.

samtools faidx [Fasta file]

2. 유전자 Annotation 파일 올리기


File > Load from File >  gtf파일을 업로드합니다.

3. Bam file을 Bw파일로 변환 후 bw 파일 올리기.


Bam파일을 먼저 bw파일로 변환합니다.

변환하는 방법이 있는 포스트

File > Load from File > bw파일을 전부 선택합니다. 



4. Track의 높이조절


아무리 Normalized 되어 있는 Read의 양을 업로드 했다고 해도 샘플별로 Track의 최대 값이 동일하지않으면 Track별로 Read양의 비교가 무의미해 집니다.

Track을 전체 클릭하고 Group AutoScale을 클릭해줍니다. 
그러면 알아서 최대값을 찾아서 전부 맞춰줍니다.