ChIP-Seq: 원리, Peak calling, Quality Control

1. Peak Calling / Motif discovery - GEM 

 * GEM 소프트웨어 ".GEM_events.narrowPeak" 해석

*P_-lg10 : q-value. Multiple testing correction 후. 마이너스로그를 취했기 때문에, 값이 클수록 더 믿을 만한 peak이라는 이야기가 된다.

*Q_-lg10 : p-value. 

2. Motif discovery -MEME or fimo

fimo- 이미 알려진 motif data base가 있고, 거기서 찾고 싶을때.

Meme- 드노보.

echo fimo --o Left_"$item" ./Arabidopsis_maize_DAPv1.meme  "$Loops_Path"/Left_"$item".fa
fimo --o Left_"$item" ./Arabidopsis_maize_DAPv1.meme  "$Loops_Path"/Left_"$item".fa