* Bam file 의 경우

1. Bam file 을 bw파일로 바꾼다.

1) bamfile 인덱싱 :  

2) file_to_bigwig_pe.py 를 이용하기 위한 reference genome 인덱싱:
samtools faidx ref.fasta

3) samtools 와 bedtools 기반으로 file_to_bigwig_pe.py를 이용하여 bed파일 및 bw파일 생성:

samtools sort -O 'bam' -o ./4.Sorted_Filtered_BamFile/${item}_sorted.bam ./3.Bowtie2/${item}.sam

samtools index ./4.Sorted_Filtered_BamFile/${item}.sorted.filtered.bam

bedtools bamtobed -i ./4.Sorted_Filtered_BamFile/${item}.sorted.filtered.bam > ./4.Sorted_Filtered_BamFile/${item}.bed

bedtools genomecov -i ./4.Sorted_Filtered_BamFile/${item}.bed -split -bg -g ./0.Reference/"$Reference".chrom.sizes  > ./4.Sorted_Filtered_BamFile/${item}.bg

wigToBigWig ./4.Sorted_Filtered_BamFile/${item}.bg ./0.Reference/"$Reference".chrom.sizes  ./4.Sorted_Filtered_BamFile/${item}.bw

 인덱싱된 fa파일과,  bed/bam file 의 chromosome 이 완벽하게 일치해야함.

2. raw 폴더안에 "정해진폴더"(chip)등에 bw파일을 옮긴다.
이때 정해진 폴더 안에 새로운 폴더를 만들어도 된다.

3. 아래와 같은 정보를 csv파일에 입력 
chip,ZmARF39_Soybean,ZmARF39_Soybean,Sohyun_DAP,,,Sohyun_DAP/ZmARF39_Soybean.bw,,,,,,,
python ../bin/build_tracklist_json.py tracks_maizev5.csv
csv파일을 json 파일로 바꿔준다.

그 후 아래 명령어 입력. 
(**필수사항아님)
git add tracks_maizev5.csv trackList.json
git commit -m 'message'
git push


* Bed file의 경우
*git hub서버에서 해야됨 원래 디렉토리에는 모듈이 없음..
bin/flatfile-to-json.pl --bed <species/file.bed> --trackLabel <unique label> --out ../../
을 이용해서 track 파일을 만들어주고, tracks경로에 넣어주기.
이때, csv 파일에 입력방법:
peaks,UMR_Maize,UMR_Maize,UMR,,,,,,,,,,

- peak 정보가 들어있는 bed file은 크기가 사실 그렇게 크지 않기 때문에 돌아가는데 얼마 시간이 걸리지 않는다.

*sh파일 만들기: 

Data_Path=(/data01/epigenome/JBrowse/Glycine_max_v4/raw/peaks/DAP-seqPeaks)

RawDataFormat=.narrowPeak

List=`find "$Data_Path" -name "*""$RawDataFormat" | sed 's|.*/||'`

for i in $List;

do

/data01/epigenome/JBrowse/bin/flatfile-to-json.pl --bed "$i"  --trackLabel "$i" --out Track

done

                                                         * python파일 만들기:

import glob,os, sys

outfile = open("Track.txt","w")

for sFiles in glob.glob("*.bed"):

    Path = os.path.dirname(os.path.abspath(sFiles))

    cmd = "/data01/epigenome/JBrowse/bin/flatfile-to-json.pl --bed %s  --trackLabel %s  --out Track"%(sFiles,sFiles)

    line = "peaks,%s,%s,%s,,,%s,,,,,,,"%(sFiles,sFiles,"Prediction",Path+"/"+sFiles)

    os.system(cmd)

    outfile.write(line+"\n")

outfile.close()



* AllC file의 경우
conda activate /home/sb14489/.conda/envs/ucsc
python3 allc_to_bigwig_pe_v3.py -sort Gmax_508_v4.0_OnlyChr.fa.fai allc_Gmax_OnlyChr.tsv

그러면 세개의 파일이 형성됨. bw.cg, bw.chg, bw.chh. 
이 세개의 파일을 raw 폴더로  옮겨준다 
이때, csv 파일에 입력방법:
methyl,Methyl,Methyl,UMR/,,,Gmax_OnlyChr_v3.bw,,,,,,,