Single cell 을 분석하다보면 가장 중요한 과정 중 하나가 Quality control(QC)이다. 

QC의 목적
1) Quality 가 낮은 cell을 제거
2) Doublets or multipleltes제거. Doublets(or multipleltes) 는 2개이상의 세포가 실수로 단일의 세포로 인식되어진 것을 뜻한다.  (https://www.archrproject.com/bookdown/how-does-doublet-identification-work-in-archr.html)

보통 loading 된 cell의 50-60%가 최종 분석에 사용된다고 보면된다. 예를들어서 20,000개의 셀이 로딩이 되었을 때, 10,000 개 정도의 셀이 QC 를 통해서 제거된다고 여겨진다.


QC방법

1. Read depth로 필터링




2. Transcription start site 로 필터링
% of Transcription start site

3. FRiP로 필터링
FRiP = Tn5 peak / Total Tn5