MDS plot은 모든 유전자의 발현량에 대한 유사성을 한눈에 볼 수 있도록 해줍니다. MDS는 차원을 축소시키는 방법으로, 발현량의 유사성을 거리로 계산 한 후 2차원 평면에 나타낸 것입니다. Dimension1은 가장 높은 설명력을 갖는 축으로, 그 다음으로는 Dimension2가 있습니다. 

아래 예제를 보면, control, cancer1, cancer2 이렇게 세 그룹이 있는것을 확인 할 수있습니다.

Control 그룹은 왼쪽아래에 위치하여 cancer 그룹들과 떨어져 있음을 확인 할 수있습니다. 즉, 전체적인 유전자 발현량이 control 과 cancer 그룹간에 차이가 있다고 말 할수 있으며, cancer1과 cancer2간에는 차이가 크지 않다고 할 수 있습니다.


*** MDS 플랏 그리는 방법은 아래 영상에 자세히 설명되어 있습니다.